犯罪嫌疑人认罪认罚的情况下，如果因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底。但如果是因犯罪情度节轻微或具有《刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一而被不起诉的仍会有案底。法律依据：《刑事诉讼法》第十六条有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：

(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;

(二)犯罪已过追诉时效期限的;

(三)经特赦令免除刑罚的版;

(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没权有告诉或者撤回告诉的;

(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;

(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。